Patagonia este în marea sa parte o regiune vasta de stepa, cu suprafata de 900000 km patrati, formata din 3 zone geografice: Anzii Patagoniei, situati in vestul regiunii, cu virfuri acoperite cu zapada, de 3000-4000 m inaltime (cel mai inalt virf: San Valentin – 4058 m), Podisul Patagoniei in centru si est, ce pierde inaltime dinspre vest spre est, pina ajunge la tarmurile abrupte si stincoase ale Oceanului Atlantic si Tara de Foc, zona insulara din sudul Patagoniei despartita de continent prin strimtoarea Magellan. Pe aceste campii se găsesc iazuri si lacuri de apa sarata sau dulce. Catre Anzi, pietrisul lasă loc porfirului, granitului si bazaltului, flora si fauna sunt mai abundente si capata caracteristicile coastei de vest. Precipitatiile mai bogate în vestul Anzilor si temperaturile scazute la nivelul marii în larg dau nastere la mase de aer rece, contribuind la formarea ghetarilor si a calotelor glaciare, cele mai mari din emisfera sudică, exceptand Antarctica.
Printre depresiunile ce traverseaza platoul, principalele sunt Gualichu la sud de Rio Negro, Valcheta si Maquinchao prin care înainte au curs apele lacului Nahuel Huapi - care acum curg in raul Limay, raurile Seguerr si Deseado. Unele din aceste depresiuni au fost vechi rute comerciale interoceanice. In zona centrala a regiunii, eruptiile vulcanice, care au luat parte la formarea platoului din Tertiar pana in prezent, au depus un strat de lava bazaltica, acoperit recent in partea de vest de ghetari. Topirea rapida a ghetarilor si retragerea zapezilor au dus la procese de coroziune, impreuna cu schimbarile tectonice din acea perioada, ce au sapat o depresiune longitudinala, care separa platoul de dealurile precordiliene. Si în vest exista o depresiune similara la poalele Anzilor Cordilieri ce contine cel mai fertil sol din Patagonia.
